目录 1996~2000

    剧集说明（搬自度娘，本人很懒！）
    下方“分集剧情”列表中，“★”标注表示加长版特别篇（参考下文“加长版特别篇”部分），“◆”表示动画原创（即漫画原作中没有的），“b”表示出现黑衣组织，“f”表示出现fbi，“c”表示出现cia，“s”表示出现工藤新一，“x”表示出现服部平次，“k”表示出现怪盗基德。（注意不要将标注与动画名称相混淆）关于主线剧情的情况，请参考下文“主线剧情简介”部分。
    @1996年（1~42）
    1云霄飞车杀人事件b/s
    2董事长千金绑架事件
    3偶像密室杀人事件
    4大都会暗号地图事件
    5新干线大爆破事件
    6情人节杀人事件◆
    7每月一件礼物恐吓事件
    8美术馆杀人事件
    9天下第一夜祭杀人事件
    10足球选手恐吓事件
    11（11~12）钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件★
    12（13）步美被绑架事件
    13（14）奇怪的寻亲杀人事件
    14（15）谜样的讯息狙击事件◆
    15（16）消失的尸体杀人事件
    16（17）古董收藏家杀人事件
    17（18）百货公司挟持事件◆
    18（19）六月新娘杀人事件
    19（20）电梯杀人事件◆
    20（21）鬼屋杀人事件
    21（22）电视台外景队杀人事件◆
    22（23）豪华客轮连续杀人事件（前篇）
    23（24）豪华客轮连续杀人事件（后篇）
    24（25）丧失记忆的美女事件◆
    25（26）真假人质绑票事件◆
    26（27）爱犬约翰杀人事件◆
    27（28）小五郎同学会杀人事件（前篇）
    28（29）小五郎同学会杀人事件（后篇）
    29（30）计算机杀人事件◆
    30（31）不在场证明杀人事件◆
    31（32）电视台杀人事件
    32（33）咖啡厅杀人事件
    33（34）侦探团生还事件◆
    34（35）山庄绷带怪人杀人事件（前篇）
    35（36）山庄绷带怪人杀人事件（后篇）
    36（37）星期一晚上7:30杀人事件◆
    37（38）仙人掌花杀人事件◆
    38（39）赤鬼村火祭杀人事件
    39（40）企业家千金杀人事件（前篇）
    40（41）企业家千金杀人事件（后篇）
    41（42）优胜锦旗被割事件◆
    42（43）卡拉ok厅杀人事件
    @1997年（43~85）
    43（44）江户川柯南诱拐事件
    44（45）堀田三兄弟杀人事件◆
    45（46）敷面膜杀人事件◆
    46（47）雪山山庄杀人事件
    47（48）健身俱乐部杀人事件◆
    48（49）外交官杀人事件（前篇）x
    49（50）外交官杀人事件（后篇）s/x
    50（51）图书馆杀人事件
    51（52）高尔夫练习场杀人事件◆
    52（53~54）雾天狗传说杀人事件★
    53（55）神秘凶器杀人事件◆
    54（56）电玩公司杀人事件b
    55（57）列车手法杀人事件◆
    56（58）清洁车杀人事件◆
    57（59）福尔摩斯迷杀人事件（前篇）x
    58（60）福尔摩斯迷杀人事件（后篇）x
    59（61）首次购物杀人事件◆
    60（62）插画画家杀人事件
    61（63）幽灵船杀人事件（前篇）◆
    62（64）幽灵船杀人事件（后篇）◆
    63（65）大怪兽哥梅拉杀人事件
    64（66）第三个指纹杀人事件◆
    65（67）螃蟹和鲸鱼绑架事件◆
    66（68）夜路杀人事件◆
    67（69）舞台女演员杀人事件◆
    68（70）暗夜男爵杀人事件（事件篇）
    69（71）暗夜男爵杀人事件（疑惑篇）
    70（72）暗夜男爵杀人事件（解决篇）
    71（73）米花之狼杀人事件◆
    72（74）三胞胎别墅杀人事件
    73（75）少年侦探队遇难事件◆
    74（76）死神阵内杀人事件◆
    75（77）金融公司社长杀人事件
    76（78~79）柯南vs怪盗基德★k
    77（80）名门连续惨死事件（前篇）x
    78（81）名门连续惨死事件（后篇）x
    79（82）银行强盗杀人事件◆
    80（83）流浪画家杀人事件◆
    81（84）当红歌星绑架事件（前篇）
    82（85）当红歌星绑架事件（后篇）
    83（86）综合医院杀人事件◆
    84（87）滑雪别墅杀人事件（前篇）
    85（88）滑雪别墅杀人事件（后篇）
    @1998年（86~128）
    86（89）诱拐现场特定事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）
    87（90）白鹤报恩杀人事件◆
    88（91）德休拉别墅杀人事件（前篇）◆
    89（92）德休拉别墅杀人事件（后篇）◆
    90（93）花香杀人事件◆
    91（94）抢匪住院事件
    92（95）恐怖登山杀人事件（前篇）◆
    93（96）恐怖登山杀人事件（后篇）◆
    94（97）雪女传说杀人事件◆
    95（98）小五郎约会杀人事件◆
    96（99~102）走投无路的名侦探！连续两大杀人事件★
    97（103）离别美酒杀人事件◆
    98（104）名陶艺家杀人事件（前篇）
    99（105）名陶艺家杀人事件（后篇）
    100（106）初恋情人回忆事件（前篇）
    101（107）初恋情人回忆事件（后篇）
    102（108）古装演员杀人事件（前篇）
    103（109）古装演员杀人事件（后篇）
    104（110）盗贼集团别墅事件（前篇）
    105（111）盗贼集团别墅事件（后篇）
    106（112）新闻照片杀人事件◆
    107（113）鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆
    108（114）鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆
    109（115）侦探团大追击事件◆
    110（116）烹饪教室杀人事件（前篇）◆
    111（117）烹饪教室杀人事件（后篇）◆
    112（118）帝丹小学七大离奇事件
    113（119）白色海滩杀人事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）
    114（120）有氧潜水杀人事件（前篇）
    115（121）有氧潜水杀人事件（后篇）
    116（122）推理小说家失踪事件（前篇）
    117（123）推理小说家失踪事件（后篇）x
    118（124~125）浪花连续杀人事件★x
    119（126）假面超人杀人事件◆
    120（127）蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆
    121（128）浴室密室事件（前篇）
    122（129）浴室密室事件（后篇）
    123（130）天气预报小姐绑架事件◆
    124（131）神秘的狙击者杀人事件（前篇）◆
    125（132）神秘的狙击者杀人事件（后篇）◆
    126（133）旅行剧团杀人事件（前篇）◆
    127（134）旅行剧团杀人事件（后篇）◆
    128（135）黑衣组织10亿元抢劫事件◆b（注：部分情节来自漫画第2卷，但主体案件为原创）
    @1999年（129~173）
    129（136~139）来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件★b
    130（140）竞技场无差别胁迫事件（前篇）
    131（141）竞技场无差别胁迫事件（后篇）
    132（142）魔术爱好者杀人事件（事件篇）k
    133（143）魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）k
    134（144）魔术爱好者杀人事件（解决篇）k
    135（145）消失的凶器搜索事件◆
    136（146）蓝色古堡探索事件（前篇）
    137（147）蓝色古堡探索事件（后篇）
    138（148）最终播映杀人事件（前篇）
    139（149）最终播映杀人事件（后篇）
    140（150）sos！步美传达的讯息◆
    141（151）结婚前夕密室事件（前篇）x
    142（152）结婚前夕密室事件（后篇）x
    143（153）疑惑的天体观测◆
    144（154）上野出发的北斗星3号（前篇）
    145（155）上野出发的北斗星3号（后篇）
    146（156）本厅刑事恋爱物语（前篇）
    147（157）本厅刑事恋爱物语（后篇）
    148（158）路上电车紧急刹车事件◆
    149（159）游乐园高空弹跳事件◆
    150（160）汽车爆炸事件的真相（前篇）◆
    151（161）汽车爆炸事件的真相（后篇）◆
    152（162）神秘老人失踪事件◆
    153（163）园子危险的夏日物语（前篇）
    154（164）园子危险的夏日物语（后篇）
    155（165）水中钥匙密室事件◆
    156（166）本厅刑事恋爱物语2（前篇）
    157（167）本厅刑事恋爱物语2（后篇）
    158（168）沉默的环状线◆
    159（169）诡异的五重塔传说（前篇）◆
    160（170）诡异的五重塔传说（后篇）◆
    161（171）流经流水亭的杀机◆
    162（172~173）飞天密室工藤新一最初的事件★s
    163（174）月亮、星星与太阳的秘密（前篇）
    164（175）月亮、星星与太阳的秘密（后篇）
    165（176）少年侦探队消失事件◆
    166（177）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）x
    167（178）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）x
    168（179）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）x
    169（180）维纳斯之吻◆
    170（181）黑暗中的死角（前篇）
    171（182）黑暗中的死角（后篇）
    172（183）复活的死亡讯息（前篇）
    173（184)复活的死亡讯息（后篇）
    @2000年（174~218）
    174（185~188）二十年的杀意新佛尼号连续杀人事件★x
    175（189）惨遭四次杀害的男子◆
    176（190）与黑衣组织的再会（灰原篇）b
    177（191）与黑衣组织的再会（柯南篇）b
    178（192）与黑衣组织的再会（解决篇）b
    179（193）咖啡厅卡车撞入事件◆
    180（194）红色杀机的夜想曲（前篇）◆
    181（195）红色杀机的夜想曲（后篇）◆
    182（196）九道门大搜查◆
    183（197）危险的食谱◆
    184（198~199）诅咒假面的冷笑★◆
    185（200）名侦探遇害记（前篇）◆
    186（201）名侦探遇害记（后篇）◆
    187（202）黑暗中传来的神秘枪响◆
    188（203）危命的复活洞窟中的侦探团
    189（204）危命的复活负伤的名侦探x
    190（205）危命的复活第三种选择x
    191（206）危命的复活黑衣骑士s/x
    192（207）危命的复活新一回来了s/x
    193（208）危命的复活约定的场所s
    194（209）意味深长的八音盒（前篇）
    195（210）意味深长的八音盒（后篇）
    196（211）看不见的凶器小兰的初次推理◆
    197（212）超级跑车的陷阱（前篇）◆
    198（213）超级跑车的陷阱（后篇）◆
    199（214）嫌疑犯毛利小五郎（前篇）
    200（215）嫌疑犯毛利小五郎（后篇）
    201（216）第十位乘客（前篇）◆
    202（217）第十位乘客（后篇）◆
    203（218）伊卡洛斯的黑色之翼（前篇）◆
    204（219）伊卡洛斯的黑色之翼（后篇）◆
    205（220）本厅刑事恋爱物语3（前篇）
    206（221）本厅刑事恋爱物语3（后篇）
    207（222）太顺利的推理◆
    208（223~224）通往迷宫的入口巨大神像的愤怒★◆
    209（225）龙神山坠崖事件◆
    210（226）五彩传说的水中豪宅（前篇）◆
    211（227）五彩传说的水中豪宅（后篇）◆
    212（228）蘑菇、熊与侦探队（前篇）
    213（229）蘑菇、熊与侦探队（后篇）
    214（230）怀古饭店的神秘事件◆
    215（231）复仇海滩（前篇）◆
    216（232）复仇海滩（后篇）◆
    217（233)目暮警官尘封的秘密（前篇）
    218（234）目暮警官尘封的秘密（后篇）